Pemerintah Desa adalah penyelenggara urusan pemerintahan dan kepentingan masyarakat di tingkat Desa. Pemerintah Desa dipimpin oleh Kepala Desa dan dibantu oleh Perangkat Desa. 
Tugas Pemerintah Desa, Mengelola dan Mengembangkan kehidupan masyarakat di tingkat desa
Bertanggung jawab atas Keamanan, Ketertiban, dan Kesejahteraan Masyarakat Desa
Menyelenggarakan urusan Pemerintahan dan kepentingan masyarakat setempat
Menetapkan Peraturan Desa bersama Kepala Desa, Menampung dan menyalurkan aspirasi Masyarakat.
Struktur Pemerintahan Desa terdiri dari :
1. Kepala Desa
2. Sekretaris Desa
3. Kepala Seksi
4. Kepala Urusan

Berdasarkan SOTK Pemerintah Desa Muser dengan Peraturan Desa Muser No 11 tahun 2019 jabatan Pemerintrah Desa Muser terdiri dari :

Kepala Desa Muser : Matdin

Sekretaris Desa : Aminah

Kaur Keuangan : Norlatifah

Kaur Umum : Era Irmawati

Kaur Perencanaan : Sukardi

Kasi Pemerintahan : Rosita

Kasi Kesejahteraan : Indriyani

Kasi Pelayanan : Swadi